Bio je najmlađi profesor anatomije i teorijske medicine na sveučilištu La Sapienza, a zahvaljujući svome znanstvenom umijeću te pedagoškim i retoričkim sposobnostima postao je brzo slavan ne samo u Italiji, već i diljem Europe.
Gjuro Armeno Baglivi prvi je teorijski predvidio specifičnu kemoterapiju, otkrio je anatomsku razliku mišića, a pridonio je i poznavanju fiziološke funkcije zuba. Rodonačelnik je teorije liječenja vodom.
Bio je osobni liječnik dvojice papa – Inocenta XII. i Klementa XI.
Godine 1704. u Lyonu je tiskano prvo izdanje njegovih sabranih djela pod naslovom Opera omnia medico-practica et anatomica, a do 1842. diljem Europe su objavljena u desecima izdanja te prevedena na engleski, francuski, njemački i talijanski jezik.
Za života je postao član britanskog Royal Society (1698.), njemačke Academie Caesareo-Leopoldina Naturae Curiosorum (1699.) i talijanske Accademia dei Fisiocratici (1700.).
Umro je u 39. godini života i pokopan je u rimskoj crkvi Svetog Marcela.